ベース編集とプライム編集、結局どう使い分けるのか初心者向けに知りたい
CRISPRを追い始めたばかりです。Cas9はDNAを切る、ベース編集は切らずに一塩基を書き換える、というところまでは分かったのですが、プライム編集との違いがまだ腑に落ちません。
それぞれが得意とする変異のタイプや、オフターゲットのリスクの大小について、ざっくりとでも整理してもらえると助かります。論文を読む前の地図がほしい感じです。
Potioneざっくり言うと、ベース編集は一塩基の置換(C→TやA→G)が得意で適用範囲は限定的、プライム編集は小さな挿入・欠失も含めて自由度が高いぶん効率が出にくい、という整理が入口になると思います。
オフターゲットについては、切断を伴わないぶんベース編集のほうが理屈上は穏やかですが、RNAレベルの意図しない編集が報告されている世代もあるので、手法より「どの酵素のどの改良版か」で見たほうがいいです。